Зазвичай прогестерон добре переноситься, у поодиноких випадках можливі прояви таких побічних реакцій:
з боку серцево-судинної системи: тахікардія, порушення кровообігу, підвищення артеріального тиску, венозні тромбоемболії;
з боку нервової системи: головний біль, запаморочення, сонливість, безсоння, депресія;
з боку репродуктивної системи та молочних залоз: набухання, підвищена чутливість та біль молочних залоз, порушення з боку зовнішніх статевих органів, такі як печіння, сухість, генітальний свербіж, зміна вагінальних виділень, кровотечі, вагінальний мікоз, передменструальний синдром, порушення менструального циклу, ациклічні кров’янисті виділення, аменорея, олігоменорея, гірсутизм, зниження лібідо, спазми матки;
з боку травного тракту: здуття живота, біль у животі, нудота, блювання, запор, діарея, метеоризм;
ендокринні порушення: погана переносимість глюкози;
з боку дихальної системи: задишка;
з боку гепатобіліарної системи: порушення функції печінки та зміни функціональних проб печінки, холестатична жовтяниця;
метаболічні та аліментарні порушення: зміни апетиту, збільшення або втрата маси тіла, набряки, альбумінурія;
з боку шкіри і м’яких тканин: алергічні прояви на шкірі, мультиформна еритема, свербіж, кропив’янка, шкірний висип, акне, хлоазма, алопеція, гірсутизм;
загальні порушення та зміни у місці ін’єкції: підвищена стомлюваність, слабкість, лихоманка, реакції гіперчутливості, у тому числі анафілактичні реакції; затримка рідини, парестезії; зміни у місці введення, включаючи біль та припухлість;
лабораторні показники: зміни ліпідного профілю плазми;
вплив на плід: надмірна кількість прогестерону може спричинити вірилізацію плода жіночої статі (аж до невизначеності статевої належності).